DNA条形码(ITS2)在葫芦科鉴定中应用价值的评估

唐银琳; 刘镛; 姚辉; 陈振东; 吴耀生; 徐鹏; 蒋东

doi:10.3724/SP.J.1142.2012.60631

DNA条形码(ITS2)在葫芦科鉴定中应用价值的评估

唐银琳¹,
刘镛¹,
姚辉²,
陈振东³,
吴耀生^1, ,,
徐鹏¹,
蒋东¹

1.
广西医科大学生物化学与分子生物学教研室, 南宁 530021
2. 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所, 北京 100193
3. 广西农业科学院蔬菜研究所, 南宁 530007

基金项目: 广西科学基金资助项目(2010GXNSFA013145)。

详细信息

作者简介:
唐银琳(1987-),女,硕士研究生,从事药用植物分子生物学研究(E-mail:Tangyinlin2008@163.com)。

通讯作者:
吴耀生, E-mail: wuyaosheng03@sina.com

中图分类号: Q949.782;R282.5
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出版历程
- 收稿日期: 2012-06-13
- 修回日期: 2012-09-28
- 发布日期: 2012-12-29

Evaluation on the Application Value of Identification in Cucurbitaceae by ITS2

1.
Department of Biochemistry and Molecular Biology, Guangxi Medical University, Nanning 530021, China
2. Institute of Medicinal Plant Development, Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College, Beijing 100193, China
3. Institute of Vegetable Development, Guangxi Academy of Agricultural Sciences, Nanning 530007, China

摘要

摘要: 探讨在纳入分析数据时,数据信息的选择对ITS2序列作为DNA条形码在葫芦科植物中鉴定能力的影响。首先,建立由葫芦科植物ITS2序列组成的3个资料组,其中Dataset1为实验样本,Dataset2由实验样本及GenBank数据库样本组合,Dataset3为从Dataset2中去除部分序列后所得。通过比较3个资料组的种间、种内的变异、Barcoding Gap及鉴定成功率,评估纳入分析的数据选择差异对ITS2鉴定能力的影响。结果显示ITS2序列在3个资料组属水平上的鉴定成功率均达到100%;种水平上,用BLAST1法鉴定成功率分别为100%、 67.8%、 90.6%,Nearest Distance法鉴定成功率分别为100%、 52.5%、 66.5%。可见纳入分析的数据选择有差异时,会导致鉴定成功率的较大变化。3个资料组中,ITS2分析仅有Dataset2的Barcoding Gap不够显著。因此对于DNA条形码分析中的数据纳入标准,值得进一步研究。
- 葫芦科 /
- ITS2 /
- 鉴定 /
- 应用价值 /
- 纳入标准
Abstract: We discussed the influence of analytical data selection of the ITS2 sequences as DNA barcode identification ability in the Cucurbitaceae. Three data sets were built which contained the ITS2 sequence from different Cucurbitaceae samples: Dataset 1 (Experimental group), Dataset 2 (sequences both from experiment and GenBank group), and Dataset 3 (portion of Dataset 2 group). By comparing intra- and inter-specific variation, barcoding gap, and identification efficiency among the three data sets with BLAST 1 and Nearest Distance methods, the influence on ITS2 identification capacity among different data selection was eva-luated. Results showed that the rate of successful identification using ITS2 sequence among the three datasets reached 100% at the genus level and 100%, 67.8%, and 90.6%, respectively, with the BLAST 1 method at the species level, and 100%, 52.5%, and 66.5%, respectively, with the Nearest Distance method. Clearly, the different selection of data led to the large discrepancy of the identification success rate. Among the three data sets, only the barcoding gap in Dataset 2 was not obvious. Therefore, the inclusion criteria of data in the DNA barcode analysis deserves further investigation.
- Cucurbitaceae /
- ITS2 /
- Identification /
- Application value /
- Inclusion criteria

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DNA条形码(ITS2)在葫芦科鉴定中应用价值的评估

作者简介: 唐银琳(1987-),女,硕士研究生,从事药用植物分子生物学研究(E-mail:Tangyinlin2008@163.com)。

通讯作者: 吴耀生, E-mail: wuyaosheng03@sina.com

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作者简介:
唐银琳(1987-),女,硕士研究生,从事药用植物分子生物学研究(E-mail:Tangyinlin2008@163.com)。

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吴耀生, E-mail: wuyaosheng03@sina.com